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千代田区外神田一丁目17番に所在する。京浜東北線・山手線が島式ホーム2面4線、総武線が相対式ホーム2面2線の高架駅である。改札口は電気街口・昭和通り口・中央改札口の3ヶ所である。また、電気街口と中央改札口の間には改札外の東西自由通路がある。中距離電車の回送線や東北新幹線の高架橋のさらに上を総武線の高架橋が直交して乗り越すオーバークロス構造になっている。東北新幹線は当駅構内の上野方で地下に潜る。2005年つくばエクスプレス開業とヨドバシAkibaなどの開業に併せて構内通路の拡大などの駅改良工事が行われ、中央改札口と東西自由通路が新設された。なお、2006年12月31日までは総武線ホームから直接アキハバラデパートに連絡するデパート口があったが、同デパートの閉店により閉鎖された。2009年4月現在、旧アキハバラデパート内で耐震補強工事が行われている。また、駅構内の工事に伴い、電気街口付近の通路が一部狭くなっており、工事の経過で度々通路が変更されている。旧アキハバラデパートは耐震補強の後、総武線の線路の南は7階、北は4階建てに増築され2010年末の完成を予定している。運営はアトレが行う予定である。